سرمایه‌گذاری مستقیم به این معناست که شرکت پذیرفته‌شده در بورس یا فرابورس (یا شرکت دارای سرمایه ثبتی یک سی‌ام سرمایه صندوق نوآوری و شکوفایی معادل حدود ۳۵۰ میلیارد تومان) به‌صورت مستقیم در شرکت‌های دانش‌بنیان سرمایه‌گذاری می‌کند؛ این اقدام تا ۳۰ درصد به‌عنوان اعتبار مالیاتی پذیرفته می‌شود.
در مقابل، سرمایه‌گذاری از طریق صندوق‌های پژوهش و فناوری یا صندوق‌های سرمایه‌گذاری مورد تأیید، شرایط مناسبی ایجاد می‌کند که آنگاه امکان استفاده تا ۱۰۰ درصد از سرمایه‌گذاری انجام‌شده در قالب اعتبار مالیاتی وجود دارد. البته پیش از آغاز سرمایه‌گذاری، اخذ تأییدیه و تکمیل کاربرگ‌های مربوطه ضروری است.
